Alice 19th per alcuni
aspetti ricorda molto il film Labyrinth. Anche se la storia si
basa molto sulla mitologia nordica dell'uso delle rune e su come
in passato gli antichi Britanni ritenevano magiche le persone in
grado di usare le rune, che sembravano avere dei significati
mistici sopra ogni altra cosa, così i Lotis di questo
manga sono ricoperti di significati mitologici. A contrastare i
Lotis sono i Maram che possono trasformare il potere del cuore di
una persona, in nera disperazione. 
Nei primi due numeri di
Alice 19th siamo ancora all'oscuro di cosa ci sia in realta'
dietro il potere dei Lotis e dei Maram. Infatti il manga comincia
come una classica storia d'amore tra i banchi di scuola: due
sorelle Arisu (Alice) e Mayura Seno sono entrambe innamorate
dello stesso ragazzo, Wakamiya Kyou. Mayura, piu' grande di un anno, ha grande confidenza con Kyou tanto da chiamarlo per nome; Arisu invece e' tanto codarda da nascondersi dietro la scusa di non voler ferire la sorella, e decide di tenere per se' il suo amore per il senpai Kyou.
Un giorno Arisu, proprio come Alice nel paese
nelle meraviglie, incontra un misterioso coniglietto. Sulle prime
pare tutto normale: Arisu evita che il coniglietto venga
investito da unauto ed a sua volta viene salvata da Kyou. Il
coniglietto scappa. Ma questa vicenda avvicina Arisu e Kyou, tanto da spingere Kyou e Mayura ad uscire sotto pressione di Arisu stessa, che convince Kyou.
Tuttavia il ragazzo sembra essere piu' interessato alla sorella minore che alla maggiore, e Mayura diventa gelosa e cattiva nei confronti di Arisu. Di conseguenza cerca di trovarle un ragazzo per allontanarla dal proprio.
Il soprannaturale fa
finalmente il suo ingresso quando il conglietto (che poi e una
coniglietta, Nyozeka) si rivela essere una specie di folletto
magico che spiega ad Arisu di averla cercata a lungo, che Arisu e
una Lotis Master e che il suo lotis rappresenta il coraggio. 
Coraggio che Arisu non
dimostra davvero di avere. Il suo comportamento ambiguo finisce
con l'innervosire Mayura sempre di piu', soprattutto dopo che
Arisu rifiuta l'altro ragazzo e viene addirittura difesa da Kyou
quando la conversazione si fa pericolosa. Le due sorelle finiscono col litigare... ed ecco l'elemento che riporta alla mente Labyrinth, Arisu dice: ti odio sorella, sparisci, vattene via! E Mayura sparisce.
Da qui il manga prende una piega surreale e fantastica con Kyou ed Arisu che cominciano a saltare fuori e dentro dimensioni alternative che altro non sono se non il cuore delle persone che stanno loro attorno. Ed alcuni di questi cuori sono davvero neri e disperati.
Da qualche parte nel mondo interiore della disperazione, si trova Mayura, rapita ed usata da Maram per combattere i lotis ed Arisu e Kyou sono decisi a ritrovarla.
E poi arriva Frey,
direttamente dalla Scandinavia, un Lotis Master che conosce tutta
la vera storia dei Lotis master: vuole aiutare Kyou e Arisu e
allo stesso tempo... fare di Arisu la sua sposa. 