Setsuna e' un inquieto studente di una scuola
cristiana per soli ragazzi. I suoi genitori sono divorziati; il
padre non ha tempo per lui e la madre lo considera il male
incarnato perche' ha intuito la verita': Setsuna prova piu' di un
amore fraterno per Sara. Setsuna prova delle forti pulsioni
sessuali, ma la sola persona che desidera e' Sara, ed e' l'unica
che non puo' avere per via del vincolo di sangue che li unisce. Il suo migliore amico e confidente e' il senpai Kira Sakuya, che e' in realta' lo spirito di Nanatsusaya (Lucifero). Kira si trova in mezzo ai suoi amici d'infanzia e Setsuna, in continua lotta fra loro, ma rifiuta di stare dalla parte di qualcuno.
Cry (o Kurai), la principessa di Anagura (il livello piu' alto dell'Inferno), della linea reale Gehenna, e dominatrice della stirpe dei Maligni, ritrova il corpo di Alexiel, conservato nel cristallo d'angelo, e lo riporta ad Anagura. Parte allora con il suo cugino Arachne (o Arakune, un ragazzo che si considera donna e si veste come tale) per il mondo materiale per trovare l'attuale incarnazione di Alexiel, con lo scopo di estrarne l'anima e ridarla ad Alexiel.
Lo scopo e' quello di riportarla in vita afinche' possa ancora una volta guidare i Maligni e gli altri opponenti di Dio contro il Cielo, prima che l'Apocalisse abbia realmente inizio.
Allo stesso tempo, Katan il "figlio" di Rosiel, che desidera ugualmente di ribellarsi contro Dio in quanto non vuole vedere l'umanita' distrutta, sta lavorando per liberare Rosiel. Senza dei poteri come quelli di Rosiel, infatti, la ribellione non avrebbe alcuna possibilita' di successo.
Ci sono diverse gerarchie di angeli, nella piu' bassa si trova la Gurigol, che operava vicino agli umani. Molti di loro si erano innamorati di esseri umani e avevano avuto rapporti sessuali con loro.
Dio si infurio' e fece sė che i Gurigol non avessero piu' dei corpi, soltanto delle anime senza consapevolezza, usate dagli altri angeli come fonti di energia.
Alune di queste anime erano nate in modo diverso, con la consapevolezza ma ne' corpo o sensi. Katan era uno di esse; Rosiel creo' un corpo per lui, quello di un giovane ragazzo, e lo presento' come giovane angelo.
Dio aveva proibito la creazione di nuovi angeli, cosė questo venne mantenuto segreto. Il giovane Katan si adopero' per arrivare ad una posizione di candidato nel gradino piu' alto del Paradiso per essere vicino a Rosiel e quest'ultimo, felice dei veloci progressi del ragazzo, lo prese sotto la sua ala come protetto.
Questo risale a quando Rosiel era ancora relativamente sano di mente. Katan alla fine divenne un cherubino, membro di una delle piu' alte gerarchie di angeli.
Katan cerca di liberare Rosiel dando un CD chiamato 'Angel Sanctuary' a dei ragazzini con poteri psichici. Quando inseriscono il CD nel computer Rosiel puo' parlare a loro tramite lo schermo e promettere la realizzazione dei loro desideri in caso accettino di aiutarlo.
Molti dei ragazzini vengono uccisi dall'eccesso di potenza psichica, ma alla fine Ruri Saiki, la migliore amica di Sara, riesce ad aprire il sigillo e a far fuoriuscire Rosiel.
A questo punto Rosiel le ha gia' sottratto la forza di volonta' e l'ha trasformata in uno dei sui burattini, una sorta di demone, un groviglio di tentacoli metallici. Poiche' e' il suo burattino ora Rosiel puo' apparire con l'aspetto di Ruri ogni volta che lo desidera.
Rosiel controlla le persone somministrando una sostanza sottoforma di una pillola che li rende dei burattini che eseguono solo i suoi ordini.
Cry e Arachne affrontano Setsuna dicendo che lui e' la reincarnazione di Alexiel, ma il ragazzo rifiuta di credere loro. Lo seguono, osservandolo e mettendolo alla prova, ma Setsuna li tratta come una coppia di fastidiosi egocentrici.
Con
l'aspetto di Ruri, Rosiel rapisce Sara per attirare Setsuna in un
magazzino, dove fa sė che un demone creato da uno degli amici di
Kira attacchi Setsuna.Cry e Arachne guardano da vicino ma non interferiscono, perche' vogliono vedere se il trauma psichico svegliera' Alexiel in Setsuna.
Setsuna sta per essere ucciso ma una visione di Adam Kadmon appare e lo risana dalle ferite.
Rosiel non puo' sostenere il fulgore di Adam Kadmon e sta per essere distrutto quando Katan crea una sorta di sentiero magico e lo porta in salvo.
Appena Adam Kadmon scompare, Cry e Arachne si avvicinano a Setsuna, ancora una volta chiedendo di unirsi a loro per guidare la ribellione. Setsuna si rifiuta, dicendo che a lui non importa nulla.
Cry e' infuriata, dice che Setsuna non e' affatto come Alexiel, perche' Alexiel ci teneva ad aiutare i Maligni contro Dio, che era molto piu' cattivo di loro. Setsuna e' turbato, ma se ne va portando tra le braccia Sara, che ha perso i sensi.
Dopo che i due se ne sono andati, Cry e Arachne si accorgono della presenza di Kira, che era presente durante tutto l'evento.
Kira provoca di proposito Arachne fino a che lei non lo uccide brutalmente, affinche' loro smettano di cercarlo (Kira ha la facolta' di rigenerarsi e di tornare quindi in vita).
Setsuna riaccompagna Sara a casa e la mette a letto. Mentre la ragazza sta ancora dormendo, Setsuna la bacia, ma proprio in quel momento sua madre entra nella stanza. Arrabbiatissima, aggredisce Setsuna e lo accusa di usare il corpo di sua sorella per il proprio piacere.
Setsuna, pensando che sia meglio per Sara considerarlo un farabutto piuttosto che amarlo, dato che lui finirebbe per abusare del suo amore, conferma le accuse della madre.
Rosiel va a casa di Sara presentandosi con l'aspetto di Ruri e raccoglie i dati sufficienti per prendere le sue sembianze.
Dopo che Sara e' svenuta, Katan raggiunge Rosiel e protesta per il fatto che stanno facendo del male a degli innocenti, cosė Rosiel cerca di far ingererire a Katan la sua pillola. Dato che Katan e' un cherubino, una pillola non lo renderebbe un burattino ma lo indurrebbe comunque ad accettare il volere di Rosiel. Katan sputa la pillola e Rosiel se ne va, non senza averlo minacciato.
Nel frattempo, Cry e Arachne sono ritornati nell'Anagura. Kurai si mette in contatto con i draghi divini della sua stirpe e loro predicono che i poteri di Setsuna si risveglieranno, e che questo provochera' la distruzione di Tokyo portando alla distruzione dell'intera terra.
Rosiel crea un altro burattino, questa volta la
sua vittima e' Yue Katou, uno degli amici di Kira. Poi va da
Setsuna, fingendo di essere Sara, e gli chiede un bacio, cosa che
Setsuna sta per fare quando nota che "Sara" ha un
profumo diverso. Rosiel intende somministrare a Setsuna la sua capsula bocca a bocca.
Katou e' riuscito a fare una foto di Setsuna e la finta Sara che si stanno per baciare, e Rosiel fa circolare le foto per la scuola. Questo causa uno scandalo, e Sara viene interrogata sull'incidente.
Lei rivela di amare suo fratello, anche se questo significa andare all'Inferno.
Setsuna, costretto ad affrontare il fatto che il suo segreto e' stato rivelato a tutti, entra in crisi ma Kira gli dice che, nonostante il suo amore sia sbagliato, lui non puo' farci nulla e percio' non deve preoccuparsi. Questo aiuta Setsuna a superare la crisi e ad accettare i suoi sentimenti, nonostante sia convinto che l'amore di Sara per lui sia completamente diverso da quello che lui ha per lei.
Rosiel va da Kira e gli chiede la spada divina
Nanatsusaya, ma Kira l'ha gia' data a Sestuna sotto forma di
pendente. Rosiel uccide Kira e Setsuna assiste alla scena. Lo shock permette ad Alexiel di prendere il sopravvento. Nanatsusaya appare dalla pietra del pendente e Alexiel la usa per colpire Rosiel, ma dato che Rosiel sta usando il corpo di Katou, tutto quello che deve fare e' uscire dal corpo nel momento giusto, e Katou muore al suo posto. Alexiel fa questo di proposito, per permettere all'anima di Katou di andare nell'altro mondo attraverso la porta dell'est, invece di andare all'Inferno.
Kira ritorna in vita di fronte a Setsuna e gli dice che l'unica ragione per cui sono amici e' perche' lui e' la reincarnazone di Alexiel. Setsuna e' sconvolto, dopo aver gridato "Io non sono un angelo!" scappa via, ferito e tradito. Arachne appare e insinua che a Kira importi di Setsuna molto piu' di quanto vorrebbe far credere.
Sentendosi solo e respinto da tutti come Setsuna Mudou, il ragazzo cerca di uccidersi ma viene fermato da uno strano prete che in realta' e' Zephikiel (o Zafkiel), uno dei Sette Pilastri di Dio, angelo della categoria superiore.
Rosiel ha chiamato Kirie, un angelo con l'aspetto di studentessa, per andare sulla terra in qualita' di sua aiutante. Ordina a Katan di ritornare a servire il cielo, dicendo che non ha bisogno di sottoposti che non lo obbediscono.
Sara viene mandata dall'insegnante a casa di Ruri per avere notizie di lei, dato che non si presenta a scuola da molto tempo. Sara trova la mamma di Ruri impazzita, la sua stanza trasformata in un groviglio di tentacoli elettronici, suo padre per meta' inghiottito dallo schermo del computer.
Ruri, piena dell'odio e della gelosia che Rosiel le ha trasmesso, attacca Sara. Ma, quando Sara si offre spontaneamente di essere uccisa, Ruri riesce a riottenere i suoi sensi abbastanza a lungo per ricevere il perdono di Sara e morire in pace.
Il corpo di Katou, sepolto da Kira in una fossa poco profonda, viene scoperto dalla polizia ed ha inizio un'investigazione.
Kirie sta per uccidere Sara, come Rosiel ha ordinato, dato che Ruri ha fallito in questo compito, ma Cry la attacca e Sara riesce a salvarsi. Successivamente Cry parla con Sara, la quale rivela che sua madre la portera' in Inghilterra per farla sposare, in modo che non verra' piu' compromessa da Setsuna. Lei rivela di essere innamorata di Setsuna ma che partira' perche' il loro amore sarebbe infelice.
Cry le da' della vigliacca, promette di rubarle Setsuna e scappa via.
Piu' tardi Sara sta per partire per l'areoporto senza vedere Setsuna per l'ultima volta, incontra Cry e le chiede di rendere felice Setsuna.
A scuola Setsuna viene avvicinato da due ufficiali della polizia, che gli chiedono di venire alla stazione. Ma in quel momento compare Kurai per dire a Setsuna di correre all'areoporto, altrimenti Sara verra' portata via. I due corrono all'areoporto e Setsuna fa una confessione finale a Sara dicendo di amarla e supplicandola di scappare con lui. La ragazza, dopo un'esitazione iniziale, corre verso di lui e lo abbraccia.
Setsuna e Sara scappano via assieme e la polizia cerca di seguirli, ma appare Kira che getta dei petardi alla polizia e poi confessa l'omicidio di Katou.